охранять или не охранять их постоянно - это решать командующим и игрокам, больше тут ничего сказать не могу.
Хранилища не находятся на база и если в случае захвата базы противником на конец игры - это никак не влияет на добытое кол-во нефти.
Если я правильно понял сценарий, то очки зачисляют "на счет" стороны сразу и как-либо их забрать уже нельзя.